Ngân hàng thương mại làm trung gian thanh toán khi nó thực hiện thanh toán theo yêu cầu của khách hàng như trích tiền từ tài khoản tiền gửi của họ để thanh toán tiền hàng hoá, dịch vụ hoặc nhập vào tài khoản tiền gửi của khách hàng tiền thu bán hàng và các khoản thu khác theo lệnh của họ. Ở đây ngân hàng thương mại đóng vai trò là người “thủ quỹ” cho các doanh nghiệp và cá nhân bởi ngân hàng là người giữ tài khoản của họ.
Ngân hàng thương mại thực hiện chức năng trung gian thanh toán trên cơ sở thực hiện chức năng trung gian tín dụng. Bởi vì thông qua việc nhận tiền gửi, ngân hàng đã mở cho khách hàng tài khoản tiền gửi để theo dõi các khoản thu, chi. Đó chính là tiền đề để khách hàng thực hiện thanh toán qua ngân hàng, đặt ngân hàng vào vị trí làm trung gian thanh toán. Hơn nữa, việc thanh toán trực tiếp bằng tiền mặt giữa các chủ thể kinh tế có nhiều hạn chế như rủi ro do phải vận chuyển tiền, chi phí thanh toán lớn, đặc biệt là với các khách hàng ở cách xa nhau, điều này đã tạo nên nhu cầu khách hàng thực hiện thanh toán qua ngân hàng.
Việc các ngân hàng thương mại thực hiện chức năng trung gian thanh toán có ý nghĩa rất to lớn đối với toàn bộ nền kinh tế. Với chức năng này, các ngân hàng thương mại cung cấp cho khách hàng nhiều phương tiện thanh toán thuận lợi như séc, uỷ nhiệm chi, uỷ nhiệm thu, thẻ rút tiền, thẻ thanh toán, thẻ tín dụng... Tuỳ theo nhu cầu, khách hàng có thể chọn cho mình phương thức thanh toán phù hợp. Nhờ đó mà các chủ thể kinh tế không phải giữ tiền trong túi, mang theo tiền để gặp chủ nợ, gặp người phải thanh toán dù ở gần hay xa mà họ có thể sử dụng một phương thức nào đó để thực hiện các khoản thanh toán
Đối với ngân hàng thương mại, chức năng này góp phần tăng thêm lợi nhuận cho ngân hàng thông qua việc thu lệ phí thanh toán. Thêm nữa, nó lại làm tăng nguồn vốn cho vay của ngân hàng thể hiện trên số dư có trong tài khoản tiền gửi của khách hàng. Chức năng này cũng chính là cơ sở hình thành chức năng tạo tiền của ngân hàng thương mại.
